Giếng Thần không rõ ai đặt tên nhưng cái tên này thật xứng với nó. Tương truyền, vào đêm giao thừa, ai có duyên uống nước Giếng Thần thì cả năm sẽ được an vui, hạnh phúc. Trong dân gian cũng có truyền tụng rằng nước Giếng Thần có khả năng chữa được bệnh tật (kể cả bệnh nan y).

Chính vì vậy cứ mỗi lần đại lễ, du khách từ trong và ngoài nước về chùa tham quan, lễ Phật thường không quên ghé thăm Giếng Thần xin một ngụm nước thiêng cho chính mình, cũng như mang về cho người thân.

Nước Giếng Thần ngọt thanh mát, trong lành, luôn luôn có mực nước khoảng 2m dù giếng nằm trên núi ở độ cao 340m so với mực nước biển.

Theo các di chỉ khảo cổ, chùa Ba Vàng có nguồn gốc từ thời Trần - thời kỳ sùng hưng của Phật giáo Việt Nam. Ngôi chùa cũ bị thời gian và chiến tranh xâm thực, duy chỉ có Giếng Thần là bất biến.

Để giữ gìn Giếng Thần linh thiêng, luôn luôn được thanh tịnh và trang nghiêm, quý Phật tử và nhân dân thập phương lưu ý thực hiện một số điều theo hướng dẫn của nhà chùa:

Điều 1: Không tự ý múc nước mà không hỏi quý Thầy

Điều 2: Nước Giếng Thần chỉ dùng để uống. Không rửa mặt, rửa tay

Điều 3: Không thả tiền xuống Giếng

Điều 4: Không ngồi lên thành Giếng

Điều 5: Không chen lấn, xô đẩy nhau khi lấy nước

Điều 6: Không xả rác và có ý thức giữ gìn vệ sinh

Kính chúc quý Phật tử và nhân dân thập phương về chùa được vô lượng công đức, vô lượng cát lượng và luôn được hạnh phúc, an lạc trong sự gia hộ của mười phương chư Phật.